לצדה של החובה לשלם מקדמות על-חשבון המס נקבעה בחקיקה הראשית ובחקיקת המשנה חובת ניכוי מס במקור. לאמור, משלם ההכנסה חייב לנכות מס במקור מהתשלומים שהוא משלם למקבל ההכנסה, ולהעבירו ישירות לרשויות המס.
מערכת המיסוי בכלל ומערכת על שוק ההון בפרט כוללת שורה ארוכה של הוראות שעניינן בחובת ניכוי מס במקור בגין תשלום הכנסות, כגון: הכנסות שכירות, הכנסות פיננסיות שוטפות המשתלמות על פיקדונות בנקאיים ועל איגרות-חוב, רווחי הון במכירת ניירות-ערך הנסחרים בבורסה, רווחים שמקורם בהשקעה בקרנות נאמנות וכו'.
אדם שניכו מהכנסתו מס במקור רשאי, בסוף שנת-המס, לקזז מחבותו במס את המס שנוכה במקור כאמור על-ידי המנכה. ואילו אם סכום המס שנוכה במקור עולה על המס המגיע ממנו, יוחזר לו עודף המס.